不过，中共窃取政权后，又暗中制定了另外的十六字方针。1949年以后，大陆各大城市许许多多大学生、知识分子出身的地下党员，他们中的多数人几乎都未能逃脱这十六字的命运，〝文革〞接连不断的一系列政治运动，大量昔年在〝国统区〞的中共的自己人，都成了打击对象，令人触目惊心。
穆广仁引述《有关地下党的另一个16字方针》这篇文章透露，1949年5月，中共过江抢占南京，潜伏在南京的地下党在各方面所做的工作，大力的配合了中共前方的军事征战。然而，当大局已定，中共中央关于如何处理南京市委领导的地下党，有过一个十六个字方针：〝降级安排，控制使用，就地消化，逐步淘汰。〞
1949年以后的历史事实早已明白无误地证明，这十六字方针并不是针对一时、一地的政策，而是要把以青年学生、知识分子为主体的地下党员，从得胜的红色阵营中暗地里逐步排挤、清除出去的一个总战略。
文章表示，这就可以理解，为什么自反胡风、反右以来一直到〝文革〞，接连不断的一系列政治运动当中，受害者历来不限于党外的民主人士和党外的〝布尔什维克〞，大量昔年在〝国统区〞参加地下党的青年，都成了打击对象。这十六字方针，就可以看作是破解这一历史谜团的钥匙之一。
对于那些曾为红色政权的创立，差点连性命都搭上的老人而言，后面的十六字方针带给他们很大的震撼。文章说，相隔半个多世纪，面对闻所未闻的这十六个字，他们心中充满了疑惑与痛苦。
据外媒多维网报导，原新华社副社长李普说，从这16个字的文风、气势看，是毛泽东的作品，从毛对知识分子一贯的偏见，从中共建政后发动的历次针对知识分子的政治运动来看，这都是毛的作品。李普认为，毛是有谋略的，别人没有这个资格考虑大政策、也没有这个胆略发出这样的指示。
李普的分析后来得到了证实，一位原江苏省安全厅的负责人在查阅档案时发现，确有这样一个文件。当时是康生向毛泽东提出报告，说许多地下党存在严重问题，南京、福建、广西、云南是重点，请示毛应如何处置。毛的批示就是这十六个字：〝降级安排，控制使用，就地消化，逐步淘汰。〞
这个批示当时的下发范围极小，只发给了大军区的负责人。所以，长期以来很少有人知道，包括研究中共党史的专家都未听说过。
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